儿童肛肠脱垂大多为部份粘膜型，在积极改善体质，治疗诱发因素后，多能自愈，故不必手术。如非手术治疗失败，可考虑硬化剂注射疗法，即用5%酚甘油注入直肠粘膜下起到固定松弛的粘膜下层组织的作用。亦可注入95%酒精。Gabriel倡用肛周皮下金属线埋入，3周后拆除，亦可用羊肠线埋入肛周皮下。只有极少数需作类似成人直肠脱垂的较大手术。
成人肛肠脱垂以完全性全层脱出为主，故多需手术治疗，手术方法较多，有人统计自1912年Moscho witz以后共有54种，大致可分下列几类：①脱垂肠管切除术；②脱垂粘膜切除或折迭术；③肛门环缩小术；④骨盆底修补或加强术；⑤直肠悬吊和固定术；⑥提高或封闭直肠膀胱或直肠子宫陷凹手术；⑦肠管或肠系膜缩短术；⑧修补会阴部滑动性疝。手术的途径有经腹部、经会阴部、经腹会阴及经骶部。